迷你特工隊趕走了杰蘇之后，通過恐龍星球的科技得到了全新的超級恐龍力量。但是新的敵人又來到了地球上，他就是怪誕博士，他認為自己才是這個星球上唯一的超級英雄，通過賦予萬物邪惡的力量來對城市進行破壞。于是迷你特工隊又有了新的任務，阻止力量隊長，保護城市！新的恐龍伙伴，新的伙伴，新的武器裝備，新的機甲！迷你特工隊，重新出發！